যখন প্রোটিন ক্ষয়প্রাপ্ত হয় বা ভেঙে যায়, ফলে ছোট একককে পেপটাইড বলা হয়। পেপটাইডগুলি অ্যামিনো অ্যাসিড দ্বারা গঠিত, যা প্রোটিনের বিল্ডিং ব্লক। হাইড্রোলাইসিস প্রক্রিয়ার মাধ্যমে পেপটাইডগুলি পৃথক অ্যামিনো অ্যাসিডে আরও ভেঙে যেতে পারে। সময়ের সাথে সাথে প্রোটিনের অবক্ষয় স্বাভাবিকভাবেই ঘটতে পারে, যেমন খাদ্য নষ্ট হয়ে যাওয়া বা শরীরের ক্ষতিগ্রস্থ বা মিসফোল্ড প্রোটিনের ভাঙ্গনের ক্ষেত্রে। প্রক্রিয়াটি ইচ্ছাকৃতভাবে প্ররোচিত হতে পারে, যেমন খাদ্য প্রক্রিয়াকরণের সময় বা গবেষণার উদ্দেশ্যে পরীক্ষাগারে প্রোটিন হজমের ক্ষেত্রে।